AMR ถูกจัดตั้งตามตามมติเห็นชอบของคณะรัฐมนตรีในการประชุมในวันที่ 17 สิงหาคม 2559 ตามแผนยุทธศาสตร์การจัดการการดื้อยาต้านจุลชีพประเทศไทย พ.ศ.2560-2564 เพื่อแก้ปัญหาเชื้อดื้อยาต้านจุลชีพ ที่เป็นภัยคุกคามด้านสุขภาพและด้านเศรษฐกิจที่สำคัญของประเทศไทยและของโลก เนื่องจากเชื้อดื้อยาเพิ่มขึ้น ขณะที่ประสิทธิภาพของยาและการคิดค้นยาต้านจุลชีพชนิดใหม่กลับลดลง สถานการณ์นี้ส่งผลให้ติดเชื้อแล้วอาจมีโอกาสทำให้ถึงแก่ชีวิต